แหล่งรวบรวมเก็บรักษาพระเครื่อง วัตถุโบราณเพื่อจรรโลงและสืบทอดพระพุทธศาสนา แหล่งศึกษาศิลปะ และวัฒนธรรม พระเครื่องที่จัดแสดงไว้ในพิพิธภัณฑ์วัดพระธาตุแม่เจดีย์ มีที่มาจาก 3 แหล่งด้วยกัน
1. กรุวัดน้อย
ด้วยบุญบารมีอันบริสุทธิ์ เมื่อปลายปี 2550 พระครูไพบูลได้ขุดพบพระทองคำ 2 องค์ สิงห์หนึ่งและสิงห์สาม สร้อยสังวาลย์ พระธาตุ และพระเครื่องอีกจำนวนมาก พระเครื่องต่างๆ ถูกบรรจุในภาชนะดินเผาซุกไว้ใต้ฐานพระอุโบสถของวัดน้อย และบริเวณใกล้เคียง ในนิมิตของพระครูไพบูลนั้น "ครูบาแสงมา" เล่าให้ท่านฟังว่า พระเครื่องเหล่านี้สร้างที่อินเดีย แล้วนำมาในสุวรรณภูมิโดยเจ้าหญิงมุณี แสงธรรม ผ่านพม่าเข้ามาทางจังหวัดแม่ฮ่องสอน พระครูไพบูลยังได้ขุดพบแผ่นจารึกเป็นภาษาล้านนา เมื่อถอดความแล้วได้ข้อความที่ตรงกันจึงใช้อ้างอิงเป็นหลักฐาน พระเครื่องในกลุ่มนี้มักประดับด้วยแก้วหลากสีสวยงามพระเครื่องอีกกลุ่มหนึ่งสร้างที่เมืองเชียงรุ้ง สิบสองปันนา ในขณะที่ยังเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรน่านเจ้า
2. พระที่นำมาจากกรุงเทพ
พระในกลุ่มนี้ได้แก่ พระวังหน้า พระสมเด็จกรุวัดอินทร์ และพระเครื่องอื่นๆ ในราวปี 2460-2480 พ่อค้าชาวจีนท่านหนึ่งนามว่า "พด" มีภูมิลำเนาอยู่ในละแวกวัดอินทรวิหาร กรุงเทพฯ ท่านมีอาชีพล่องเรือสินค้าขึ้นล่องระหว่างกรุงเทพฯ-ลำพูน ได้รู้จักและสนิทสนมกับหม่อน (ทวด) ของพระครูไพบูล หม่อนจึงยกที่นาให้แปลงหนึ่ง ซึ่งพ่อค้าพดได้สร้างยุ้งฉางขนาดใหญ่แล้วนำพระเหล่านี้มาเก็บไว้ทุกเที่ยวที่ขึ้นมา แต่ต่อมาท่านและลูกชายได้เสียชีวิตลงโดยไม่มีทายาท จึงคืนที่นาพร้อมสิ่งของในยุ้งฉางให้หม่อน ต่อมาหม่อนแบ่งสมบัติให้เณรอ้าย แสงปินตา (ตา) และตกทอดมาถึงพระครูไพบูล
เมื่อสร้างหอพระทองคำเสร็จในปี 2552 พระครูไพบูลเห็นว่าเป็นเรื่องเกี่ยวกับพระพุทธศาสนา ถึงเวลาอันควรแล้วที่จะนำพระเหล่านี้ออกมาแสดงให้ผู้ที่มาสักการะพระทองคำได้ชม
พระวังหน้าที่จัดแสดงในพิพิธภัณฑ์วัดพระธาตุแม่เจดีย์ถูกสร้างขึ้นหลายรุ่น มีทั้งปี 2401 2411 2425 และ 2451 พระรุ่นปี 2401 นั้นสร้างโดยกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญ พระโอรสของพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 4 คู่กับพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ปลุกเสกโดยสมเด็จพระพุฒาจารย์โต พรหมรังสี สร้างเพื่อถวายพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ส่วนพระรุ่นปี 2411 สร้างโดยกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญเช่นกัน ครั้งนี้ท่านสร้างร่วมกับเจ้าพระยาภานุวงศ์ มหาโกษาธิบดี มีวัตถุประสงค์เพื่อถวายพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) เป็นการเสริมพระบารมีในการเสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน 2411
มีพระกลุ่มหนึ่งที่มีการประดับด้วยเพชร พลอย และอัญมณีมีค่าอื่่นๆ พระกลุ่มนี้เมื่อถวายรัชกาลที่ 5 แล้ว แจกจ่ายให้เฉพาะเชื้อพระวงศ์ ขุนนางชั้นผู้ใหญ่ และข้าราชบริพารใกล้ชิดเท่านั้น
นอกจากนี้ยังมีพระหายากอื่นๆ อีกมาก เช่น พระร่วงหลังรางปืน พระหลวงปู่ทวดพิมพ์หน้าอาปาเช่ (ซึ่งเป็นพิมพ์สมัยอยุธยา สร้างด้วยผงศักดิ์สิทธิ์ผสมกับยางไม้ชนิดหนึ่งมีสีดำ) พระลีลาหนังตลุง พระปิดตาหลวงพ่อแก้ววัดเครือวัลย์ พระหลวงพ่อเงินบางคลาน หลายเนื้อ หลายรูปแบบ
3. พระและวัตถุโบราณที่ผู้มีจิตศรัทธานำมาบริจาคสมทบ และที่พระครูไพบูลเก็บสะสมเอง
ครูบาศรีวิชัยรุ่นปี 2475 (รุ่นสร้างทางขึ้นดอยสุเทพ) เป็นพระที่เจ้าแก้วเนาวรัตน์ผู้เป็นเชื้อสายของครูบาเจ้าศรีวิชัยได้นำมาถวายหลังจากที่ทราบว่าพระครูไพบูลต้องการสร้างรูปหล่อครูบาศรีวิชัยองค์ใหญ่ที่สุดในโลก
